Lançamento: Setembro de 2000
Diretor: Gregory Dark

Primeiro videoclipe oficial do Linkin Park. Foi Joe que criou o conceito do vídeo. Originalmente, seriam colocadas cenas da banda tocando ao vivo para os fãs. O vídeo foi gravado a 63 pés (30 metros) abaixo do chão, em um túnel que dá acesso a um hospital, em Los Angeles. É nesse vídeo que o baixista Scott Koziol aparece, em algumas cenas; ele substituiu Phoenix temporariamente. Você pode ver o logo original do Linkin Park (quando ainda eram Hybrid Theory) nas turntables de Joe, além do soldado do Hybrid Theory na porta por onde os atores entram no túnel. O diretor do vídeo é Gregory Dark. Curiosamente, ele também é conhecido por dirigir filmes eróticos.

Lançamento: Abril de 2001
Diretores: Greg Strause e Colin Strause

Novamente, Joe cria o conceito do vídeo. É sobre uma menina que foi abusada em um relacionamento e agora se fecha para o resto do mundo, fato representado pelos efeitos especiais dos cristais que se formam em volta dela. No final, os cristais somem, indicando que ela conseguiu superar o trauma. Podemos relacionar essa história com a de Chester, que sofreu abuso quando era criança, mas lutou e conseguiu subir na vida. As letras e a performance da banda se relacionam com os efeitos especiais; podemos observar isto na parte em que Chester canta "my own reflection", a garota vê a imagem do vocalista como seu reflexo. Pode-se entender que aquilo é uma alusão à vida de Chester. É o primeiro videoclipe de Phoenix com a banda. O final do clipe seria mais sombrio na idéia original, mas a Warner Bros. não aprovou a idéia e um novo final foi escrito.

Lançamento: Junho de 2001
Diretores: Joe Hahn e Nathan "Karma" Cox

O clipe começa com a banda entrando em uma sala. À direita da banda temos uma cozinha obscura com uma banheira; à esquerda temos um laboratório com coisas estranhas se mexendo. Nos dois lugares há partes da letra da música pintadas nas paredes. Ao fundo da sala podemos ver um quadro com uma pintura modificada da fita cassete do Xero, pintada por Mike. A música segue seu fluxo até que, pouco depois do segundo refrão, coisas estranhas começam a acontecer: uma criatura sai do laboratório e passa rapidamente pela sala onde a banda está tocando; libélulas saem da cozinha e voam por toda sala; as paredes e o quadro se mexem; o rosto de Rob fica deformado por um instante, entre outras coisas. Foi feito originalmente para a Europa, mas também estreiou nos EUA. Rob disse que Papercut foi o clipe preferido dele na hora de filmar, pois ele pôde ficar sentado no sofá sem fazer nada, durante 16 horas. Ele também gostou da experiência de ter usado a máscara que fez seu rosto ficar deformado. Segundo Mr.Hahn, é sobre os demônios internos das pessoas. Foi o primeiro clipe do Linkin Park que ele dirigiu. Um dos clipes mais sombrios da banda.

Lançamento: Outubro de 2001
Diretores: Joe Hahn e Nathan "Karma" Cox
Filmando em: Los Angeles

Videoclipe feita com animações em CGI. No começo, Chester aparece saindo de uma abertura onde há escrituras em alfabeto maçônico e uma cabeça de Gárgola; Mike aparece andando em um deserto que vai ganhando vida conforme o desenrolar da música. A banda toda só aparece no primeiro refrão. Eles estão no alto de uma torre em forma de mulher, onde no topo existe um soldado que lembra bastante o da capa do Hybrid Theory, e outras duas estátuas. Durante a parte mais animada do clipe, começa a chover e as estátuas se movem. No final, o que antes era um deserto vira uma área com vegetação e cheia da vida. Pode-se ver uma baleia voando pelo cenário durante todo o clipe, idéia de Mr. Hahn: "Não é como se eu tivesse tirado isso da minha bunda, faz sentido para min". Joe escolheu o designer Patrick Tatopoulos para fazer o set de filmagem. Você pode encontrar o making of de In The End no DVD "Frat Party at the Pankake Festival".

Diretor: Joe Hahn
Animação por: Brian Won

Animação especial feita para o DVD "Frat Party at the Pankake Festival". Dura um pouco mais de um minuto e não possui a música inteira. Muitos não consideram um clipe.

Lançamento: Novembro de 2001
Diretor: Nathan "Karma" Cox

Lançado para promover o DVD "Frat Party at the Pankake Festival". O clipe mostra diversas cenas de shows entre 2000 e 2001.